Comment les variants prolongent la pandémie de Covid-19 en Afrique

Alors que l'Afrique court toujours derrière les vaccins anti Covid-19, les variants semblent prolonger la pandémie.

Badr Kidiss
Rédigé le , mis à jour le
Un travailleur sanitaire doté d'un équipement de protection individuel lors d'une campagne de test massive du Covid-19 à Johannesburg, en Afrique du Sud, le 6 mai 2020
Un travailleur sanitaire doté d'un équipement de protection individuel lors d'une campagne de test massive du Covid-19 à Johannesburg, en Afrique du Sud, le 6 mai 2020

L'Afrique retient son souffle. Partout sur le continent, où le chiffre des 200.000 morts du Covid-19 a été dépassé ce mardi, le nombre de cas augmente à un rythme alarmant: plus de 40 pays connaissent une troisième vague, six sont déjà aux prises avec une quatrième, alors que la vie reprend son cours normal dans de nombreux pays riches grâce à des taux d'immunisation élevés. A l'heure où moins de 3,2 % des Africains ont été complètement vaccinés contre le coronavirus, les variants plus transmissibles prolongent la vague de pandémie selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS). 

"Il est frustrant de constater que le ralentissement de la maladie est très lent à cause des effets persistants du variant Delta, qui présente un taux de transmissibilité plus élevé", explique la Dre Matshidiso Moeti, directrice régionale de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) pour l’Afrique.

Le variant Delta, plus contagieux, a en partie alimenté la troisième vague et circulé de façon prédominante dans plusieurs pays en proie à une augmentation du nombre de cas Covid. En Afrique australe, par exemple, où 4.000 informations sur le génome ont été produites en août, le variant Delta a été détecté dans plus de 70 % des échantillons provenant d’Afrique du Sud, du Botswana et du Malawi, et dans plus de 90 % des échantillons expédiés depuis le Zimbabwe. À ce jour, le variant Delta, prédominant, a été détecté dans 31 pays africains, tandis que les variants Alpha et Bêta l’ont été respectivement dans 44 et 39 pays.

La chasse aux variants

Avec seulement 1 % des plus de trois millions de séquençages du Covid-19 réalisés dans le monde, l'Afrique est à la traine dans la chasse aux variants. Pour y remédier, l'OMS tente de fournir un "un appui aux pays afin de renforcer la surveillance des agents pathogènes". En 2020, l'organisation et ses partenaires ont établi un réseau de laboratoires consacré au séquençage du virus responsable du Covid-19 en Afrique. Ce réseau a, jusqu’à présent, pu produire environ 40.000 séquençages. 

Afin d'accélérer le séquençage, l’OMS veut créer un centre régional d’excellence pour la surveillance génomique et la bio-informatique dans la ville du Cap, en Afrique du Sud. Ce centre desservira dans un premier temps 14 pays, avant d’être agrandi et d’offrir ses prestations à davantage de pays africains. "La troisième vague nous a démontré que les variants ont la capacité de contrecarrer les initiatives visant à maîtriser la pandémie. Les pays doivent redoubler de vigilance en matière de surveillance, car faute d’informations sur les génomes, les variants peuvent se propager sans être détectés. Nous ne pouvons pas régler un problème si nous ne pouvons pas l’évaluer", constate la Dre Moeti, dont l'organisation a récemment apporté un soutien financier à certains pays du continent, notamment Eswatini, Sao Tomé-et-Principe et le Sénégal, pour renforcer la surveillance génomique.