Comment la surveillance des eaux usées aide à lutter contre le Covid-19 et la polio en Afrique

La surveillance des eaux usées est une pratique de plus en plus fréquente en Afrique pour détecter et suivre la propagation de virus et d'agents pathogènes, notamment le choléra, le poliovirus, la typhoïde et la résistance aux antimicrobiens (RAM), le Covid-19 et la grippe.

La rédaction d'Allo Docteurs Africa
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Des scientifiques sud-africains remplissent des bouteilles d'eaux usées
Des scientifiques sud-africains remplissent des bouteilles d'eaux usées  —  OMS

Des égouts aux tubes à essai. Depuis des décennies, la surveillance des eaux usées permet de localiser les malades qui s'ignorent. Et en Afrique, cette pratique ne cesse de faire ses preuves, notamment depuis l'apparition du Covid-19 sur le continent. 

Deux fois par semaine, une équipe de scientifiques de l’Institut national des maladies transmissibles (National Institute for Communicable Diseases, NICD) de l’Afrique du Sud traverse les zones urbaines du pays, visitant jusqu’à 50 sites de traitement des eaux usées pour remplir des bouteilles de ces eaux. Les bouteilles ainsi remplies d’effluents sont scellées, désinfectées, puis transportées vers des laboratoires dont le réseau couvre tout le pays. Ce contenu est ensuite testé pour détecter la présence du SARS-CoV-2, le virus responsable du Covid-19. 

"Il est difficile de tester toutes les personnes atteintes de COVID-19, mais il est facile de procéder à un test de détection des eaux usées. Cela équivaut à tester efficacement toutes les personnes qui vivent dans une zone particulière", explique la Dre Kerrigan McCarthy, pathologiste spécialiste au NICD.

Surveiller la polio grâce aux eaux usées

En plus du Covid-19, la surveillance des eaux usées continue d’être utilisé pour surveiller la poliomyélite dans plusieurs pays de la Région africaine. "Si vous prélevez des échantillons d’eaux usées pour détecter la poliomyélite, cela peut vous indiquer la circulation du virus au sein des personnes vivant dans une zone spécifique. Cette démarche est utile, car seule une personne sur 100 atteinte de poliomyélite présente des symptômes", explique la Dre McCarthy. Avant d'ajouter que le test des eaux usées "a été un bon moyen de détecter la propagation du virus et de contribuer aux efforts visant à éradiquer la poliomyélite".

La Zambie a commencé à prélever des échantillons d’eaux usées au titre de la lutte contre la poliomyélite en 2018. La méthode sert d’outil essentiel de détection précoce dans un contexte où, en 2022, la République démocratique du Congo et le Malawi voisins ont notifié respectivement des cas de poliovirus dérivé d’une souche vaccinale et des cas de poliovirus sauvage.

Pourtant, la surveillance de l'eau n'a pas encore été adoptée par toute l'Afrique dans le cadre de sa riposte contre les grandes maladies tueuses. Cela est dû en partie au manque d’infrastructures de laboratoire requises dans de nombreux pays sur le continent. Jusqu'à quand ?